本发明提供了一种短季棉早熟不早衰形状的生化标记辅助选择方法。发明涉及的生化标记为超氧化物岐化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）、过氧化氢酶（CAT）和丙二醛（MDA）含量，其选择方法是选择早熟不早衰亲本进行杂交，以SOD、POD、CAT三种酶关键时期活性的相对高低作为选择标记，对杂交后代的群体从F2代起进行选择，结合常规育种技术，选育出了早熟不早衰、青枝绿叶吐白絮的短季棉花系列品种中棉所16、24、27和36。该技术克服了常规育种选择周期长、受环境条件影响大、耗时费力、选择效率低等缺点。有效缓解早熟与早衰的遗传正相关、早熟与优质、抗病的遗传负相关，集早熟不早衰、优质、高产和抗病为一体。