农产品加工研究所在全力抗击SARS的同时，加大工作力度，稳步推进各项改革工作的进程。
　　完成机构调整。成立了综合办公室、科技处和后勤基建中心，使管理队伍更加精干，工作质量和效率得到进一步提高；撤销了原研究室建制，设立食品科学实验室和中试中心，使之逐步成为该所的创新和研发平台；成立了食品储藏保鲜辐照中心和房产经营部，以加强产业开发工作。
　　完善制度建设。先后出台了有关分配、科研项目、科技开发、待岗人员、临时工、退休人员等的管理办法，制定了职工上岗聘用合同书，为进一步深化改革打下了良好基础。
　　实行全员竞聘上岗。全所54个岗位全部进行公开竞聘，按任务定岗，依岗位聘人，实行目标管理，定期按任务考核，增强了职工的紧迫感、责任感和危机感。
　　做好转企准备工作。成立了以所领导为组长的固定资产清理小组，对研究所固定资产进行全面清理；起草了“关于划转学科占用国有资产的处理意见”；起草了农产品加工研究所（有限公司）章程（初稿），目前正在进一步调研、论证、修改。
　　在人才建设方面，引进院一、二级岗位杰出人才3名，三级岗位4名，硕士以上研究和经营管理人员4名；完成了500平方米食品科学实验室改造，自筹资金对标记楼进行了改造；重新划分了党支部和工会小组，并进行了改选，使党的工作和群众工作得到加强。
　　农产品加工研究所下一步的工作重点是，进一步完善改革方案，起草企业章程，加快转企进程。要根据科技型企业的特点，将学科创新与产业发展有机地结合起来，进一步修改完善改革方案，使之符合我院“九大学科群”建设的需要，符合转制为科技型企业的要求；在完成固定资产清理工作基础上，进行资产评估、资产认定和不良资产剥离等，实现国有资产的保值增值；将现有辐照储藏保鲜中心进行技术改造和运行机制、管理体制改革，把产业做大做强；加快放射免疫检测试剂盒的开发；对所办京原生物工程公司进行整顿和改造；继续加大人才引进力度，广泛吸引农产品加工研究、开发和经营管理人才；加快农产品加工和食品学科的建设，使之成为国家农产品加工研究的创新平台；大力争取项目支持，促进学科的发展；积极配合上级部门做好马连洼三所的整体规划工作，在此基础上推动食品科学大楼的立项和建设工作，为农产品加工和食品学科的发展创造更好的条件。