2009年11月26～28日，作科所在北京昌平召开了2009年作物科学发展战略研讨会。翟虎渠院长、刘旭副院长、袁龙江副局长等院领导出席了研讨会，作科所全体所领导、职能部门负责人、系（中心）主任、领域专家共53人参加了会议，庄巧生院士也出席了会议。会议由张保明书记和王述民副所长主持。
　　万建民所长首先就2008年作物科学发展战略研讨会提出需要解决的各项议题的进展情况进行了总结。万所长指出，在农业部和188bet平台app官方 的领导和支持下，经过全所上下一年的努力，各项议题取得了显著进展。进一步明确了方向任务，优化了人才队伍，强化了成果申报，创新了管理机制，提升了科研条件，增加了职工收入。2009年，第一完成单位获国家科技进步二等奖2项，第二完成单位获国家科技进步二等奖3项，2个团队被评为院优秀科技创新团队，6个团队被评为院重点科技创新团队，新国家作物种质库建设项目已获发改委同意立项，国家植物转基因技术研究中心已通过转基因重大专项的立项申请。
　　翟虎渠院长在会上做了重要讲话。翟院长指出，近几年作科所发展又好又快，重大工程和农场等条件建设良好，种质资源基础性工作取得很大成绩，分子育种水平有了较大提高，全国大联合大协作得到了强化，学术氛围浓厚，科研成果丰硕，为国家粮食安全、生态安全、农民增收和农业可持续发展做出了贡献。翟院长要求作科所进一步解放思想，大幅度提高职工待遇，开展人事管理试点，加强科研平台建设，进一步优化人员和资源配置，深化课题组整合，强化所内合作和协作，突出论文和品种两大产出，培育突破性新品种。翟院长最后指出，作为我院第一大所，作科所要继续发挥引领作用，推动我国作物科学的快速发展。
　　研讨会围绕研究所的定位与研究方向、人才队伍建设与协调布局、重大成果的凝练申报和高效转化、科研管理与行政管理机制创新、条件建设和科研能力提升，以及以人为本提高职工待遇等六个议题展开讨论，与会专家踊跃发言，达成了诸多共识，会议取得了预期成效。
　　万建民所长做了总结发言。万所长指出，这次会议开的非常成功，大家畅所欲言，凝聚共识，谋划发展。万所长强调，作科所定位准确，方向明确，下一步要强化成果凝练和申报，下大力气自己培养育种人才，引进杰出人才，加强团队建设和管理，深化课题组整合，进一步优化资源配置;要开源节流，提高职工待遇；要突出优势，突出创新，为提高我国作物科技自主创新能力做出新的更大贡献。