一、改革目标
　　全所科研力量将依托“农业部油料作物遗传改良重点实验室”、“国家油料作物改良中心”、“农业部油料及制品质量检测中心”和“国家油菜工程技术研究中心”，以油菜、大豆、花生、芝麻和特色油料作物应用基础研究为重点，向基础研究和应用开发研究延伸，拓展创新平台。共设置11个研究室以及2个技术支撑机构。侧重加强高新技术、产后加工和情报信息研究。将油料所建成国家油料科技创新中心、油料高科技人才培养基地和国际油料科技交流中心。
　　二、建立高素质科技创新队伍
（1）实行全员岗位聘任制，对科研、管理和技术支撑岗位均按创新目标的要求，制定岗位规范，明确岗位职责、聘用条件与任期目标。人员将向所内外公开招聘。聘期一般为2—4年。
（2）通过吸引、培养、稳定一批在国际和国内学术界有一定知名度的学术带头人，形成在国际上有一定地位的科学家群体，建设一支结构优化、精干高效、竞争能力强的新型农业科技创新国家队。
　　进入创新体系人员总数为160人，其中研究人员136人（固定岗位95人，流动岗位41人），占总人数的85%；技术支撑人员8人，占总数的5%。力争从国内外引进3—5位杰出人才，带动重点学科的发展。科研关键岗位的中青年骨干要达到70%以上。
　　三、科技产业发展与后勤服务改革
　　中油科技新产业有限公司是油料所从事科技成果转化、发展高新技术产业的公司。该公司将吸收研究所转岗人员15人。在管理上将为下属子公司提供统一的注册商标、统一财务服务（监管）、统一质量管理。并将联合其他股东组建能够上市的股份公司。
注册后勤物业中心，安置转岗分流人员86人。中心将在2004年底前基本完成后勤物业中心与研究所的剥离。中心将充分利用现有资源，参与市场竞争，面向社会服务。最终成为自主经营、自负盈亏、自我发展的独立实体。
　　四、人员分流
　　通过人员重组、分流、培养、外聘和自然减员等方式，使科技创新固定岗位与技术支撑岗位人员调整为103人，较过去163人减少60人；
管理岗位调整为16人，较过去30人减少14人；
企业改制和后勤物业分流剥离101人；其它减员40人。
五、分配制度改革
　　建立新型分配激励机制。职工的收入由三个部分构成：一是基本工资，主要由国家现行工资制度中所规定的部分组成；二是岗位津贴，按岗位设置；三是效益工资，按年度效益核定，上不封顶、下不保底。