为纪念新中国诞辰60周年，表彰和鼓励对期刊事业做出重要贡献的期刊和期刊工作者，促进期刊行业健康发展，在中国期刊协会、中国出版科学研究所联合举办的“新中国60年有影响力的期刊及期刊人”的推选活动中，经过各地、各行业期刊协会和专家评审委员会的严格评审，由我所和中国作物学会共同主办的《作物学报》荣获“新中国60年有影响力的期刊”光荣称号，并在2009年12月22日召开的“第四届中国期刊创新年会”上举行了隆重的颁奖仪式。
　　  《作物学报》在 “2008年中国科技期刊综合评价”中，总分达95.6分，排在我国核心期刊的第5位。2009年在《中文核心期刊要目总览》(2008年版)中继续被列在“农学、农作物类核心期刊表”的首位；被中国科学技术信息研究所授予“2008年度中国精品科技期刊”称号和“2008年度百种中国杰出学术期刊”称号。